교육부가 10월 11일 이숙자 교수의 총장직면직보고서에 대해 반려 결정을 내림에 따라 총장선거를 둘러싼 학내사태는 새로운 국면에 접어들었다. 교육부의 반려 결정에 따라 이사회에서는 이숙자 교수에 대한 면직조치를 철최했으나, 10월 26일 이숙자 총장의 징계위원회 회부와 더불어 직위해제 결정을 내렸다. 이러한 이사회측 결정에 대해 이숙자 교수는 11월 교육부와 사법부에 「무효확인 및 가처분 신청」을 냈으나, 12월 28일 법원은 이사회가 명백한 징계사유를 기한 내에 제출하지 못했고 아직 이사회의 징계절차가 진행중이라는 이유로 징계의결을 연기한 상태이다.